讲述小智和皮卡丘踏入新的冒险舞台——合众地区，这里居住着许多他们所不知道的神奇宝贝。当小智知道合众地区亦有神奇宝贝联盟后，便马上报名和踏上新的旅程，途中更遇上艾莉丝、牙牙与天桐，新的冒险就这样开始了。而冒险随之而来的是脱胎换骨的火箭队，另外在寻找新的神奇宝贝以及新的邂逅的道路...